Il Museo Diocesano di Catania è ospitato nell’antico Seminario dei Chierici al Duomo, attiguo alla cattedrale di Sant’Agata; costituisce tutto l’arredo mobile storico della cattedrale stessa e della sede vescovile. L’edificio è situato proprio all’entrata della Porta Uzeda ed ha la colorazione tipica bicromatcia di altri edifici catanesi, che ricordano l’origine vulcanica del territorio.                                                             Il museo è stato inaugurato nel mese di febbraio del  2001, dopo un attento progetto di restauro: l’ambiente espositivo si sviluppa in nove sale e tre piani, compreso il piano terra che contiene il fercolo in argento di Sant’Agata, comunemente detto dai catanesi a vara.  

Sala I: La cattedrale dalla rifondazione normanna al terremoto del 1693                                                 In questa sala sono esposte alcune opere che testimoniano l’assetto dell’edificio della Cattedrale della città prima del disastroso terremoto del 1693 che rase al suolo Catania, tra cui recuperi e rinvenimenti, dovuti alle recenti indagini svolte dalla sezione archeologica della soprintendenza nel presbiterio della cattedrale, e un prezioso frammento in oro e smalti con una figura femminile, attribuito a Vincenzo Archifel, orafo di origine napoletana, attivo a Catania all’inizio del Cinquecento e autore dell’arca per le reliquie di Sant’Agata per il Duomo, ultimata nel 1521, con la collaborazione degli argentieri trapanesi Nicolò Lattari e Filippo di Mauro. Inoltre, è possibile ammirare altri cimeli in oro e argento tra cui la spada di Ludovico d’Aragona ·

Sala II:  Gli arredi argentei della Cattedrale
Qui è custodito il tesoro della Cattedrale: calici, candelieri, reliquari, bastoni pastorali, ostensori ed altri oggetti religiosi cinque e seicenteschi che non andarono persi con gli eventi drammatici del 1693. In un'altra parte della sala sono esposte opere realizzate dopo la ricostruzione del terremoto, provenienti da diverse botteghe messinesi, palermitane e romane.

Sala III: I paramenti della Cattedrale
Nella terza sala sono presenti le vesti liturgiche legate al patrimonio personale dei vescovi e dei cardinali, che risalgono a epoche più recenti. L’unica veste che si è salvata, antecedente al terremoto, è la pineta (prezioso ricamo in argento su fondo rosso) del Cardinale Astalli. Altre vesti liturgiche preziose che si sono conservate, grazie al prestigio del suo possessore, sono le tre pianete ricamate e il piviale rosso. 
                                                                                                                                                                      Sala IV: Gli arredi preziosi dedicati alla Santa Patrona
Sono esposti gli arredi destinati alla celebrazione del culto della patrona della città, Sant’Agata. Sono qui esposte: la porta lignea che chiudeva il sacrario delle reliquie della Santa, prima di essere sostituita da una porta in argento agli inizi del Settecento; alcune lamine in argento che ripercorrono alcune scene salienti della vita della Santa; la teca contenente alcuni gioielli ex-voto provenienti dal busto reliquiario della Santa Patrona.

Sala V: Cappella del seminario – La Diocesi tra Ottocento e Novecento
Nella cappella del seminario sono presenti opere,busti marmorei e altre testimonianze più recenti riguardanti gli ultimi due secoli di vita della diocesi. A tal proposito ricordiamo il cardinale Giuseppe Benedetto Dusmet e il cardinale Giuseppe Francisca Nava, committente della cappella.

Sala VI: Arredi argentei delle chiese della Diocesi
Si possono ammirare in questa sala esempi di raffinata oreficeria, tra cui il pregiato busto reliquiario di S. Giuliano del 1664, dall’omonimo monastero catanese, alcune opere provenienti dal Monastero dei Benedettini di S. Nicolò l’Arena e altre neoclassiche della famiglia catanese dei Puglisi.
                                                                                                                                                                   
Sala VII: Pinacoteca
La pinacoteca contiene numerosi dipinti superstiti alla vicenda della soppressione degli ordini monastici, decretata dalle leggi Sicardi del 1866, tra cui una piccola parte della collezione privata dei benedettini e altri importanti dipinti compresi tra il XIV e il XX secolo.
                                                     
Sala VIII: Paramenti dalle Chiese della Diocesi   
All’interno di questa sala sono esposti tutti i paramenti liturgici provenienti dalle altre Chiese, prevalentemente settecenteschi. Inoltre, sono esposti alcuni arredi lignei, come il casciarizzo, dipinto del monastero di S. Placido del 1753 e una fastosa consolle settecentesca, che suggeriscono la varietà degli ornati nelle sacrestie catanesi del Settecento.

Sala IX: Il fercolo di Sant’Agata
Al piano terra è custodito il fercolo di Sant’Agata, attualmente in argento massiccio (in sostituzione alla precedente, in legno). Si presenta in maniera molto elegante e semplice, a forma di tempietto rettangolare sostenuto da sei colonne corinzie. Alla sommità di questa costruzione la croce troneggia sul mondo (un globo), circondata da una corona, un giglio e una palma (simboli della verginità e del martirio).
La vara spicca tra le opere più importanti dell’arte orafa catanese del XVI e XVII secolo; è uscita indenne dal tragico evento del 1863, ma nel corso degli anni ha subito diversi furti (1890) e danneggiamenti a causa dei bombardamenti della seconda guerra mondiale. L’attuale vara è, infatti, frutto di alcuni artigiani catanesi, esperti nella lavorazione del legno, dell’argento e dei metalli, che hanno lavorato insieme per recuperare e ricreare nella maniera più fedele all’originale le parti mancanti e danneggiate.
Inoltre, per concludere la visita al Museo Diocesano, è possibile visitare le terrazze panoramiche che permettono una visione dall’alto della Cattedrale della città, delle chiese barocche di via Crociferi e di Piazza Duomo e dintorni.