L'attuale
edificio risale al XVIII secolo, ricostruito in seguito al
terremoto del 1693 che la rase al suolo. La facciata non venne
realizzata in stile barocco ma in muratura con linee semplici ed
essenziali, stilisticamente più povera rispetto alla costruzione
precedente, in linea con un ambiente francescano. Anche l'interno
della chiesa si presenta molto sobrio, con una pianta a croce latina
e un'unica navata, dove si possono ammirare numerosi monumenti
relativi alla figura di Sant'Agata, tra i quali meritano maggiore
attenzione la cassa in legno, posta vicino l'ingresso, protetta da una teca, che per oltre 500 anni custodì le spoglie di Sant'Agata;
l'antico sarcofago di marmo bianco, nel quale venne sepolta Sant'Agata subito dopo il martirio, la cui
cassa è d'epoca romano-imperiale, mentre il coperchio è d'epoca
bizantina, posto sull'altare maggiore; la lapide, dove è posta l'inscrizione che
indica il luogo dove la martire subì l’asportazione delle
mammelle; la cappella della Vergine, dove l'altare presenta un
dipinto su tela raffigurante la Madonna della Maternità del 1898 di Giuseppe Sciuti; la cappella di Sant'Agata, dove è
esposto il dipinto Antonio Pennisi del 1851 raffigurante il Martirio
di Agata.
E' possibile,
inoltre, visitare i suggestivi luoghi sotterranei che nascondono
ancora le tracce dell'antica costruzione della chiesa, infatti la
cripta era nell'antichità un'aula del pretorio dove si svolgevano le
udienze.
Durante l'anno la
chiesa custodisce alcune delle candelore di Sant'Agata.